حتى العصور الحديثة، لم يكن هناك تمييز واضح بين الهندسة المدنية والعمارة، وكان مصطلح المهندس والمعماري في الغالب يعود إلى اختلافات جغرافية تشير إلى نفس المهنة وغالبًا ما تُستخدم بالتبادل. يُعتبر بناء الأهرامات في مصر (نحو 2700-2500 قبل الميلاد) من أوائل أمثلة بناء الهياكل الكبيرة في التاريخ. تشمل الإنشاءات الهندسية المدنية القديمة الأخرى نظام إدارة قنوات المياه في إيران الحديثة (يتجاوز عمر أقدمها 3000 عام ويبلغ طوله أكثر من 71 كيلومترًا)، ومعبد بارثينون الذي أنشأه إكتينوس في اليونان القديمة (447- 438 قبل الميلاد)، وطريق أبيان الذي أنشأه المهندسون الرومان (نحو عام 312 قبل الميلاد)، وسور الصين العظيم الذي أنشأه الجنرال مينغ تيان بأوامر من الإمبراطور تشين شي هوانغ تي (نحو عام 220 قبل الميلاد) والستوبا التي بُنيت في سريلانكا القديمة مثل جيتافانارامايا وأعمال الري الواسعة في أنورادابورا. طور الرومان الهياكل المدنية في جميع أنحاء إمبراطوريتهم، بما في ذلك القنوات المائية والمساكن والموانئ والجسور والسدود والطرق.

في القرن الثامن عشر، صيغ مصطلح الهندسة المدنية ليشمل جميع الأمور المدنية مقابل الهندسة العسكرية. في عام 1747، أُنشئت أول مؤسسة لتعليم الهندسة المدنية، المدرسة الوطنية للجسور والطرق في فرنسا؛ وتبعتها المزيد من المدارس في بلدان أوروبية أخرى، مثل إسبانيا. كان أول مهندس مدني أعلن عن نفسه هو جون سميتون، الذي بنى منارة إيديستون. في عام 1771، شكّل سميتون وبعض زملائه جمعية المهندسين المدنيين سميتون، وهي مجموعة من رواد المهنة الذين اعتادوا الاجتماع بشكل غير رسمي على العشاء. على الرغم من وجود أدلة على بعض الاجتماعات الفنية، كانت أكثر من مجرد مجتمع اجتماعي.

في عام 1818، تأسست مؤسسة المهندسين المدنيين في لندن، وفي عام 1820 أصبح المهندس البارز توماس تيلفورد أول رئيس لها. حصلت المؤسسة على ميثاق ملكي في عام 1828 يعترف رسميًا بالهندسة المدنية مهنة.